税務調査が終わり修正申告をしました。関連資料を整理していたら、別の申告モレを発見しました。どうすればよいのでしょうか？時効は何年ですか？

再度、修正申告書を提出したほうがよいと思われます。

時効(更正又は決定の期間制限)は、法定申告期限から5年です。但し、「仮装・隠蔽行為による不正所得」に対しては7年です。

業界で確立している会計処理であることが明らかな場合は主張すべきです。
そうでない場合は法令、通達に準拠しているかを確認してから会計処理の妥当性を主張すべきでしょう。

むやみに「○○社もこの会計処理をしている」と発言すると、○○社を税務署に売ることと同じになってしまいますので注意して下さい。